Con respecto a la caracterización geológica, Bussaco forma parte de la transición entre la Orla Meso-Cenozoica y el Macizo Hespérico, más precisamente en la estructura sinclinal que comienza en Bussaco, y se extiende por unos 40 km hasta los acantilados de Góis en la Serra de Lousã. Esta área de tierra ordovícica y de edad siluriana está enmarcada por unidades geológicas pre-cambrianas, que están parcialmente cubiertas por otras más recientes asociadas con el Cenozoico. Los complejos rocosos que constituyen esta formación geológica son: el conjunto Cristalofílico (lutitas y metagrauvaques) y el Complejo Xisto-Grauváquico (lutitas, metagrauvacas, metaquartzovaques y metaconglomerados). Además de estas rocas, es posible ver grauvaca de silíceo rojo, conglomerados, cuarcita armoricana, gránulos micáceos y areniscas.Los suelos son, en su mayoría, arenosos o arcillosos, con zonas alternas que presentan un poder más o menos estratigráfico, dependiendo de la forma del sustrato rocoso donde se asientan. Como resultado de las características ambientales mencionadas, es posible observar una vegetación exuberante en toda la zona boscosa, incluidos los árboles plantados en el siglo XIX que, hoy en día, alcanzan dimensiones notables.Las especies que no se adaptan a las características del bosque de Bussaco son raras, ya que este bosque tiene una increíble colección de especies nativas protegidas, así como muchas especies exóticas que en sus países de origen también están protegidas. La cubierta arbórea es diversa y abundante. En el bosque primitivo, el predominio fue el roble (Quercus), salpicado por castaños (Castanea sativa), avellanas (Corylus avellana) que ahora están junto a los Phillyrea latifolia, Arbutus unedo, Viburnum tinus, Laurus nobilis, Erica arborea, Erica arborea, Ilex Aquifolium entre otros. La especie exótica más emblemática es el Cedro-do-Buçaco (Cupressus lusitanica) originario de México, introducido a principios del siglo XVII por los carmelitas. Junto a la ermita de San José hay un Cupressus lusitanica que data de 1644. Entre las especies exóticas destacan: Araucaria bidwillii, Araucaria angustifolia, Araucaria columnaris, Agathis robusta, Pinus pinaster, Pinus pinea, Pinus sylvestris, Pinus narrisisis y Sequoia sempirensens.Además del impresionante conjunto de especies de árboles, cabe señalar que el Bosque de Bussaco también tiene un gran número de especies de plantas ornamentales, por lo que es imposible mencionar la impresionante colección de Camelias, procedente de un regalo de Quinta Villar d’Allen en 1884. 

En 1838, el Bosque de Bussaco se elimina de la lista de activos estatales anunciados para la venta, y se inserta, en 1855, en la Administración General de Bosques del Reino. María Pía de Saboia, consorte del rey Luís I, como su suegra, la reina María II, visita Bussaco en 1877, acompañada de sus hijos, Carlos, futuro rey de Portugal y Afonso. La pasión de María Pía de Saboia por Bussaco es casi inmediata. Así, en 1877, con intención de proporcionar a Bussaco las novedades de la época, Maria Pia encarga un proyecto a la firma G. Roda e Figli de Turín. El proyecto incluye la construcción de un jardín inglés que se crearía junto al convento, con un jardín formal en forma de roseta, pabellones, restaurantes, jaulas de pájaros, grutas para la vida silvestre, una pecera y bancos de jardín. Sin embargo, este proyecto no se ejecutó.En 1888, y por iniciativa de Emídio Navarro (Ministro de Obras Públicas) y la mano de Luigi Manini, Bussaco sufre profundos cambios. En ese año, comienza la construcción del Palacio Hotel de Bussaco en el sitio del monasterio, acompañado en el lado sur por un jardín, que todavía podemos ver hoy. Junto al Palacio Hotel, al oeste, se conserva la iglesia original y el claustro del monasterio. 

En el bosque de Bussaco, el paralelismo con Jerusalén es evidente, principalmente, en la relación de las capillas dispersas en el bosque y la morfología del terreno. La “via-sacra” es una alegoría del viaje hecho por Jesucristo al Calvario, y de su crucifixión. Se extiende por 2840 m de longitud y una altura de 105 m. Se eleva a la Cruz Alta / «Cruz Alta», el mirador más extraordinario de toda la propiedad. 

Las capillas devocionales están ubicadas en toda el área del bosque y, por lo general, están ubicadas cerca de una fuente que les suministra agua para los servicios domésticos y para el riego del jardín. Aprovechando la gran cantidad de manantiales y arroyos existentes en Bussaco, se construyeron varias fuentes y la Fuente Fría / «Fonte Fría» destaca por una escalera de diez escalones con el mismo número de niveles, que termina en un pequeño lago. Cerca de allí, en el Valle de los
Helechos / «Vale dos Fetos», se encuentra el Gran Lago/ «Lago Grande». Las cruces también son un elemento llamativo en el monte de Bussaco, como la Cruz Alta / «Cruz Alta». Las capillas son sencillas y están equipadas con oratoria, sacristía, espacio para descansar y una chimenea de leña para calentar y preparar las comidas, campanario con campana, así como pequeños jardines con macizos de flores y un aljibe. Una densa red de senderos recorre el bosque. Entre otras, la mencionada ruta del Vía Crucis, entre el paso del Horto, junto al Palacio-hotel, y el paso del Sepulcro, junto a la Alta Cruz, la que va desde la puerta de las Lapas hasta la Fuente fría / «Fonte Fria», paralela al valle de los helechos / «Vale dos Fetos» y la avenida del Monasterio, que conecta el convento / palacio-hotel con las puertas de Coimbra y es uno de los caminos más antiguos de Bussaco,  marcado por cuatro capillas.

1094 – el monasterio de Vacariça está en manos del obispo de Coimbra

1628 – D. João Manuel, Obispo Conde de Coimbra, dona a los Carmelitas los bosques y tierras llamadas Bussaco; Inicio de la construcción del Desierto / convento de Bussaco e introducción de los primeros árboles exóticos.

1630 – finalización de las obras principales y apertura de las puertas Coimbra

1641 – fundación de la ermita de San José

1643 – excomunión decretada por el Papa Urbano VIII, quien dañaría la arboleda del Bosque de Santa Cruz do Bussaco, sin permiso del Prior

1646 – Fundación de la ermita del Santo Sepulcro.

1650 – Fundación de la ermita de San Juan del desierto.

1651 – Fundación de la ermita de San Miguel. Mediados del siglo XVII: por orden de Manuel Saldanha, rector de la Universidad de Coimbra, se instala el Via Crucis.

1684/1704 – edificio de las Capillas de San Juan de la Cruz, San Pedro, Santa María Magdalena y la fuente del Samaritano, capilla de San Antonio y las 20 Capillas de los escalones (1695) bajo la égida del Obispo-Conde D. João de Melo

1834 – extinción de las órdenes monásticas y nacionalización de sus bienes.

1838 – el gobierno excluye el convento y el bosque de Bussaco de la lista de bienes nacionales a la venta

1855 – La Dirección General de Propiedades Nacionales transfiere el Bosque de Bussaco y todos sus activos a la Administración General de Bosques del Reino

1856 – trabajos de restauración y reforestación

1872 – Bosque de Bussaco bajo un régimen especial en la dependencia del Administrador General de Bosques.

1887 – a partir de esta fecha hay numerosos trabajos de mejora.

1889 – comienzan los trabajos de preparación del palacio real, el proyecto de Luigi Manini y parte del convento carmelita, el refectorio y las posadas fueron demolidos.

1941 – un ciclón causó la destrucción general (alrededor de 5400 árboles grandes cayeron)

1997 – la gestión del Bosque Nacional de Bussaco se atribuye a la Dirección Regional de Agricultura de Beira Litoral

2017 – Publicación de la decisión sobre la reclasificación en su conjunto / Monumento Nacional en el Anuncio no. 95/2017, DR, 2ª serie, no. 122 de 27 de junio